Documentation utilisateur
Introduction
Dans le cadre de l'infrastructure France BioImaging, le groupe de travail FBI.Data a pour rôle de concevoir, développer et mettre en place une solution de gestion des données de microscopie, depuis leur station d'acquisition jusqu'au dépots de données publics, tout en conservant un accès continu aux auteurs de ces données tout au long de leur cycle de vie.
Cette démarche s'inscrit dans le cadre des principes "FAIR" de gestion des données. Notre mission a donc une composante de prise en compte et de mise en place des bonnes pratiques liées à ces principes, en particulier via la gestion des métadonnées.
Nous avons également à cœur de faire le lien avec des outils externes : - Les entrepots de données publics qui seront directement accessibles pour y envoyer vos données associées à des publications. - Les mésocentres locaux qui auront une double fonction. Dans un premier temps, ils fourniront le stockage des données avec la sécurité, la redondance et les compétences dont ils sont spécialistes. Dans un second temps, des passerelles seront faites avec les ressources de calcul intensif hébergées sur ces centres. Ainsi, vos données n'auront pas à voyager de nouveau pour être analysées.
Les données seront ainsi stockées en sécurité et gérées par des professionnels, ce qui aura pour effet de désengorger les machines de stockage et de calcul locales.
En résumé, l'objectif est de prendre en charge les données directement depuis la machine d'acquisition, de les transporter et de les stocker à des endroits appropriés où elles seront gérées par des professionnels. Ce transport des données étant transparent pour l'utilisateur, il dispose d'outils pour accéder à ses données, que ce soit en visualisation, principalement via OMERO, ou en téléchargement afin de pouvoir travailler en local sur l'analyse. L'accès décentralisé aux données permet aussi un partage plus simple, tout en restant contrôlé, des données avec les collaborateurs.
Étapes de la gestion des données et espaces de stockage
Vos données de microscopie suivent un processus de gestion en quatre étapes:
- Acquistion
- Transfer dans le tampon, pré-traitement
- Empaquetage et import dans le stockage fédéré, partage interne
- Publication dans l'archive publique
Ces étapes sont détaillées dans la section Gestion des données.
Déplacement et conservation des données
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À l'étape 2 les données sont sur le serveur tampon, dans votre espace de stockage local.
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Les données sur cet espace sont automatiquement effacées au boût de 4 mois.
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L'étape 3 permet de transférer les données dans le stockage fédéré. Les données sont dès lors hébergées au Mésocentre de manière pérenne.
Collection des métadonnées
À l'étape 3, vous devrez renseigner un fichier excel de description des métadonnées. Comme cette étape demande quelques minutes pour une acquisition, et peut être complexe,merci de préndre connaissance de la documentation sur l'import des données avant votre première utilisation du service.
Sommaire
Guide utilisateur
Notes pour les beta testeurs
Utilisation du gestionnaire de tickets
Description du système mis en place
Description des composants logiciels
Organisation des répertoires et fichiers